小門為一座玄武岩的方山型小島，原與西嶼相連，後因海蝕作用而分離，現在築有橋樑相通。小門嶼面積雖僅約0.5平方公里，卻為澎湖群島地形、人文景觀的縮影。可觀賞玄武岩柱狀節理、白沙灘、石英砂、殼灰岩等。

「鯨魚洞」是小門嶼最特殊的海蝕地形，原為一玄武岩海崖，經海蝕作用後，貫穿成一海蝕拱門。據傳大約前世紀初（二十世紀），有一條鯨魚擱淺於附近撞擊玄武岩貫穿成洞，故命名鯨魚洞。