水產試驗所興建的澎湖水族館，位在澎湖縣白沙鄉，占地約二點五公頃，建築面積四千六百餘平方公尺，是一座兩層樓建築，規畫瞬間最大容量為五百人，展示的水族生物以水族館所在地白沙鄉為中心，半徑八百公里內臺灣海峽及南中國海中的各式生物，更是一座寓教於樂、功能完善的水族館。它不但擁有種類豐富的海洋生物，還建有一座精心設計、圓弧透明的水底隧道，可以從不同角度觀賞魚類。